Para limpar a caixa deverá executar o seguinte:

Nas configurações da conta no Outlook, cuja localização poderá variar dependendo do programa e da versão

Clicar em "Mais definições" e desmarcar a opção "Deixar uma cópia das mensagens no servidor"

Após aplicar as alterações deverá clicar em "Enviar/Receber" para que o servidor limpe efectivamente as mensagens que existirem nele.

Posteriormente poderá voltar a marcar a marcar a a opção "Deixar uma cópia das mensagens no servidor" no caso de necessitar de deixar cópias de mensagens recebidas no servidor.